別に書くほどのものでもないのですが……
同人をご存知ない方用ページと同じような内容が半分を占めてますが、一応別分け。
辞書を引くと、
【同人】
志・趣味などを同じくする人／仲間の事
【同人雑誌（同人誌）】
趣味などを同じくする人たちが、自分たちの作品の発表の場として共同で発行する本の事
……といった意味合いです。
今は『同人』といえば、だいたい上記の【同人誌】を作ることを指しますよね。
つまり、『自分の作品の発表』を目的としている以上、一次創作（オリジナル）も二次創作も同人の一環な訳です。
そしてＢＬですが、もとは『自分の好きなキャラ同士の仲が良ければいいな』という希望／願望から生まれたもの。
それがたまたま男性同士な事が多かっただけなんだと思うんです。
もっとも、同人の歴史に明るいわけじゃないので、違うかも知れませんが；
何にせよ、あくまで『多い』のであって、『全て』ではないですよね。
少数派であっても、ＢＬじゃない作品は存在するんですから。
さらに言えば（蛇足ですが）、物語を描くことだけが同人ではありません。
同人について語ると、創作という単語はどうしても『物語』を連想させがちですが、創作とは何かを作ること――物語という枠に捕われる必要はないのです。
紀行文や批評論評を始め、風景写真、音楽や自作ゲーム、手づくりのビーズアクセサリーなど、『同人』という世界はさまざまなジャンルを内包しています。
こんな風に順を追って考えていけば、『同人＝ＢＬ（or二次創作）』という誤解も解けるんじゃないかなぁ……なーんて思ったわけです。
誤解したままじゃ、同人の楽しさ半減ですもん。
さらに蛇足。
今はオンラインでの同人活動も、すっかりメジャーになりました。
オンラインしか知らない同人屋さんも多いのかも知れません。
私見ですが、『同人＝ＢＬ（or二次創作）』という価値観は、そんな人達から広まってしまったのではないかと思うんです。
例えば、サイトのリンクって、自分の好みやジャンルに近くなりますよね？
ＢＬ系のサイトならＢＬ系のリンクが、それ以外のサイトより多いのはごくごく自然な流れ。
何も知らずにＢＬ系サイトを見て、いくつかリンクを辿り歩いて、どこも同じようにＢＬを書いていたら、『同人ってこういうものなんだ』と思われても仕方ないのかもしれません。
ネットは沢山の情報を得られるけれど、リアルのように間違いや誤解を正してくれる人や場面に出会えるとは限らない――ある意味では誰とも繋がっていない世界です。
だからこそ、ネット上できちんと訴えたいな、と思った次第。
だらだらと取り留めなくてすみません。