ネイキッド・スネーク
後のビッグボス。
三度に渡って核の驚異から世界を救う。
ソリッド・スネーク
恐るべき子供達計画によって生まれた。
優性だと言われていたが、実は劣性。
リキッド・スネーク
恐るべき子供達計画によって生まれた。
本来はハウスマンの元へ、リキッドが送られる筈だった。
ソリダス・スネーク
ソリッドやリキッドとは違い、完全なビッグボスのコピー。
雷電
幼い頃に両親を殺され、ソリダスに拾われる。2014年にスネークと再会した時は、体がサイボーグ化していた。
ゼロ少佐
愛国者達の創設メンバーの一人にして中心。MGSPWのCIPHERかと思われる。
オセロット
フォックスに右腕を切られる。リキッドの右腕を移植し、リキッドが乗り移った演技をして、愛国者達に反抗する。ソリッドの新型FOXDIEで最期を迎える。
エヴァ
後のビッグママ。
ソリッドを支援する。彼女だけが、ソリッドを本名で呼ぶ。重度の火傷と新型FOXDIEで死去。
キャンベル大佐
ネイキッドとはサンヒエロニモで共に戦い、ソリッドとは一時期の家族であり親友。
シャドーモセスでの事件後、閑職へと追いやられる。
ローズ・マリー
雷電の恋人。愛国者達の命令で、彼を監視するために恋人になっていたが、最終的に本当の恋人となり、子を為す。
シギント
後のDARPA局長。オセロットに拷問と偽られて殺され、シャドーモセスにスネークが潜入したときには既に死んでいる。
ヴァンプ
ナノマシンにより、身体の治癒力を極限に高めているため、なかなか死なない。不死身ではない。ナノマシン抑制注射をうけ、雷電に止めをさされて瀕死、後に死去。